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UE 2LM08 Génie génétique

En pratique

  • Cette unité d'enseignement (UE) articule 2 activités d'apprentissage :
    • 2L081 Laboratoire de génie génétique
    • 2L080 Génie génétique
  • En 2023-2024, elle s'organise au deuxième quadrimestre et couvre 4 crédits (ECTS).
  • L'enseignement est principalement centralisé dans le campus : Sainte-Julienne
  • Attention, cette UE n'est pas remédiable d'une session à l'autre
  • Modalités d'enseignement
    • Auditoire
    • Groupe classe
    • Sous-groupe
    • Travaux pratiques dans un local équipé spécifiquement

Activité d’apprentissage

Les finalités de l'UE

Cette UE articule une dimension théorique et une mise en pratique au laboratoire de quelques concepts de base du génie génétique. Elle incite l'étudiant à se familiariser avec les techniques de biologie moléculaire et lui permet de comprendre et d'appliquer les grandes étapes des protocoles expérimentaux de biologie moléculaire.

Les contenus de l'UE

Les activités d’apprentissage de « Génie génétique » et « Laboratoire de génie génétique » permettent à l’étudiant de découvrir, d’un point de vue théorique, les concepts de base du génie génétique, et d’un point de vue théorique et pratique, les principales techniques de biologie moléculaire telles que :

  • L'electrophorèse, les blots, la transformation bactérienne, la PCR et la RT-PCR ;

  • L'extraction et purification des acides nucléiques ;

  • La digestion par endonucléases et la ligation d’ADN ;

  • Les propriétés biologiques des vecteurs plasmidiques ;

  • Le séquençage et la mutagenèse dirigée de l’ADN.

Les acquis d'apprentissage visés par l'UE

Au terme de l’UE et de manière autonome, l’étudiant devrait être capable de :

  • Citer les réactifs nécessaires et au besoin, calculer leur concentration, pour réaliser une électrophorèse (sur gel d’agarose et de polyacryalmide), des blots (Southern, Western et Northern), une transformation d’organisme (E. coli, bactéries Gram-positives, cellules eucaryotes), une PCR ou une RT-PCR, une digestion d’ADN, des ligations entre des fragments d’ADN à bouts francs ou collants, une minipréparation de plasmide, le séquençage de l’ADN, la mutagenèse dirigée de l’ADN ;
  • Expliquer les principes des techniques d’électrophorèse (sur gel d’agarose et de polyacrylamide), de blots (Southern, Western et Northern), de transformation d’organismes (E. coli, bactéries Gram-positives, …), de PCR ou de RT-PCR, de digestion enzymatique, de ligation entre des fragments d’ADN à bouts francs ou collants, de minipréparation de plasmides, du test blanc-bleu, de séquençage et de mutagenèse dirigée de l’ADN ;
  • D'appliquer les techniques d’électrophorèse sur gel d’agarose, de transformation d’organismes (E. coli, bactéries Gram-positives, …), de PCR ou de RT-PCR, de digestion enzymatique, de ligation entre des fragments d’ADN à bouts francs ou collants, de minipréparation de plasmides, du test blanc-bleu, de séquençage et de mutagenèse dirigée de l’ADN à l'aide d'un protocole adéquat ;
  • D'analyser des photographies de gel d’agarose ou d’électrophorèse et d'en déduire les résultats ;
  • D'analyser des photographies de blots et d'en déduire les résultats ;
  • De calculer le Tm d’une sonde d’ADN/ARN ;
  • De déterminer, à partir d’une série de données, la carte de restriction d’un plasmide ou d’un fragment linéaire d’ADN ;
  • De décrire les propriétés des plasmides ;
  • De calculer la concentration d’une préparation plasmidique connaissant la valeur d’absorbance à 260 nm ;
  • De déterminer si une préparation de plasmide est pure sur base des valeurs d’absorbance à 260 et 280 nm ;
  • De déterminer la séquence d’un fragment d’ADN à partir de gel de séquençage ;
  • De décrire les différentes étapes et enzymes utilisées lors de la construction d’un plasmide recombiné.

Les méthodes d'enseignement-apprentissage

Cette UE allie des cours théoriques, ex-cathedra, où de nombreux exemples et exercices sont proposés, avec des travaux pratiques en laboratoire. Ces derniers permettent de mettre en application les principes des techniques de manipulation des acides nucléiques tout en étant soumis aux règles de bonnes pratiques de laboratoire. 

Engagement attendu de la part de l'étudiant.e

  • L'organisation de l'UE est bassée sur une exploration pratique, au laboratoire, de concepts et de techniques expliqués dans le cadre du cours. Il est essentiel de participer aux laboratoires et d'intégrer aux rapports de laboratoire et à votre compréhension des manipulations, les concepts et explications complémentaires vues au cours théorique. 
  • Dans cette UE, il est nécessaire de réaliser un entrainement, une exercisation régulière pour appréhender correctement la structure particulière des acides nucléiques. Nous conseillons donc de ne pas attendre la session pour réaliser les exercices proposés, mais de s’y prendre au fur et à mesure.
  • Il est essentiel d'assister aux séances de laboratoire, d'y participer activement et d'être en possession de son matériel de laboratoire.

Evaluation intégrée

Cette épreuve présente des modalités similaires pour toutes les sessions. Elle est organisée durant la session. Il s'agit d'une épreuve intégrée. Cette épreuve est individuelle. Concrètement, l'épreuve repose sur une formulation écrite. L'épreuve repose sur des réponses courtes. Elle se déroule avec des documents autorisés. La correction de cette épreuve est assurée par délibération d'une équipe d’enseignant.es.

Rapports de laboratoire de Génie Génétique

Cette épreuve présente des modalités spécifiques à la 1re session. Elle est organisée de manière continue. Il s'agit d'un travail. Cette épreuve est individuelle et en équipe. Concrètement, l'épreuve repose sur une formulation écrite, une réalisation par mise en pratique. L'épreuve repose sur des formulations personnelles. Elle se déroule à cours ouvert, avec des documents autorisés, avec du matériel spécifique . La correction de cette épreuve est assurée par validation d'un.e enseignant.e.

Règles de l’UE

Quels sont les supports et matériels de cours indispensables ?

Supports et matériels de cours

.

Comment la note globale de l’UE est-elle déterminée ?

Explication de la pondération des différentes épreuves

Lors de la délibération, cette unité d’enseignement vaut 80 points (4 crédits*20) sur le nombre total de points du PAE de l’étudiant.

Pour réussir cette UE, il faut obtenir la note minimale de 10/20 de moyenne.

La présence à toutes les séances de l’activité d'apprentissage de « Laboratoire de génie génétique » est obligatoire. Les absences doivent être justifiées par un document officiel. La cote correspondant aux «Rapports de laboratoires» sera pondérée par le nombre de présences aux séances. En cas de trop nombreuses absences, correspondant à plus de 35 % de 20 h, l’étudiant se verra attribuer la note de 0/20 à l’unité d’enseignement UE2LM08. 

Pour établir la cote de l'UE (/20), en juin et en septembre, les différentes épreuves sont pondérées comme suit :

  • Rapports de laboratoires de génie génétique : 15 %
  • Evaluation intégrée : 85 %

L'évaluation intégrée porte sur l'activité d'apprentissage "Génie génétique" et aux notions abordées dans le "Laboratoire de génie génétique".

Quelles sont les informations administratives de cette UE ?